村外那条大清河早在几年前就已成了干涸的河床，在布满卵石的河床上往来劳作的农民们绝对没有想到在他们脚步下的某个地方有一只深埋了半个世纪的罪恶的铁盒，那盒子将给他们--给生活在这个地球上的所有生命带来一场巨大的灾难。
农民赵长禄和祁有顺在河滩上一边挖石头一边谈论着各自的家事，突然挖出了一个密封的小盒，以为是挖到了什么宝贝，不敢声张，又埋在石堆里，晚上悄悄去取出来，打开一看，大失所望：里面只是两个装着臭水的瓶子。祁有顺拎着两个破瓶子从赵家出来，路过支书家的门口，不想遇到了自己的女儿祁才女，知道她又是来看支书的儿子赵明，怒气大发，狠狠地骂了女儿一顿，将瓶子扔到了支书家猪圈里。
回到家里，祁有顺突然觉得有点不舒服，但女儿跟他赌气在西屋睡下了，老伴出去要钱还没回来，他挣扎着想找点水喝，一头栽到了地下。
第二天早上，赵长禄也病倒了。赵雨替父亲去找祁有顺起河卵石，发现祁有顺已经死了，而且死状相当恐怖。支书赵小驹家的鸡也死了，遍地死尸。突然有人来告诉赵小驹祁有顺和赵长禄死了，赵小驹大惊，立即打电话通知了乡里，并让人打电话向市防疫站报告，可电话就是打不通。
季香和申有楚赶到十八里坡，村里的景象触目惊心。家禽尸体随处可见，夜幕中飘浮着丧失亲人的家属的哭声。村民们来检查了，申有楚的脸色越来越沉重，弄得许多村民都跟着紧张起来。村支书将季香叫到外面，悄悄地询问情况。季香告诉他情况非常危险，弄不好全村都会毁在这个病上。要求必须做三件事：一、查清疫源；二、查清村民感染情况；三最重要的是要严格控制村里的人不要外出。
乡里来的陈医生感染上病毒死亡，他的惨状让季香和申有楚惊呆。
副市长容圆正在县里筹备经贸会，听说十里坡发生疫情，怕吓走来投资的外商，一面叮嘱暂时不要将消息外传，一面火速赶往十八里坡。
支书赵小驹连夜召开全体*员会议，连九十来岁的七奶奶也被通知参加，在会上，赵小驹如实向*员通报了情况，指出目前有两条路：一是让大家逃命，那样命大的就可能活下来，但要给全国造成危害；二是宁愿自己这一村人都毁在这个病上，也不出去祸害别人。
市里增援的人到了，十八里坡一片忙碌。季香查出病菌在度高温下会死亡，并查明此种病菌为接触传染，为控制疫情起到了重要作用。为了尽快找到了解疫情的人，以便尽快找到扑灭疫情的办法，季香再次要求市里向外界公布疫情。
省里十分重视在十八里坡发生的疫情，决定立刻组织部队戒严，并让在省里开会的市委书记申清波带着第一批医疗队火速赶回市里。容圆费劲周折，总算与外商坐到了签约桌边，正要签字的时候，外商突然接到十八里坡发生疫情的消息，恼怒市里不真诚，拒绝签约，拂袖而去。容圆召集紧急会议，对付疫情，市委书记申清波赶回来，宣布了省里对他的停职决定，容圆又悔又愧，要求上前线。
回家探亲的武警战士赵雨接到了部队的紧急电话通知，要归队，被季香拦下了。赵雨的娘被丈夫的死吓坏了，一心想叫孩子离开，找到支书又哭又闹，村里的人听说赵雨放出去，又闹上门来，赵雨帮支书劝解，决心不回队了，宁愿受处分，也不能把疫情带给战友。并以一个*员的名义要求村里给他分配任务。
武警部队包围了十八里坡，设下铁丝网，实施戒严。他们背对付村民们，面朝外站着，表示了对十八里坡英雄*支部和诚实、忠厚的村民们的任凭和尊敬。
十八里坡周围的村庄谣言四起，村民纷纷举家外逃，赵雨以村里*员的身份，带着战友们普查，为说服村民，他和其他*员一样，每到一家就先抽自己的血示范，村民们在*员的感召下，采取了配合的态度。祁才女按照赵明的指令，在村里悄悄寻记患病的人，并散布谣言，加重恐慌情绪。李玉在这个时候来到了十八里坡，武警战士为她喊来了赵雨，可赵雨无论李玉怎么喊话，也不肯过来与她相见。
李玉的大哥赶来，要抓她回去，战士们拦着他，李玉趁人不备钻进了铁丝钢，他大哥也跟了进去，当他醒悟到自己钻进了隔离区之后，惊惧不已，但后悔已经晚了。
申有楚在赵棒槌的血样中发现了一种特殊物质，对病菌有明确的杀灭功效。为找出赵棒槌血液中抗体的原因，季香等一再追问他，可疯疯颠颠的赵棒槌却没有一句正经话。季香和马平格到赵棒槌家搜索，发现了一个破茶缸。发现从赵棒槌的血样中提出的搞菌物质与茶缸上的茶渍相同，是一种类茶碱。
试验表明，专家从*藤中提取的药物对病菌有奇物的杀灭功效，但太少了。
赵明说自己知道赵棒槌采集*藤叶的地方，但有一个条件，释放祁才女。祁才女表示不要条件。赵明答应了，领着部队进山。
专家们用从赵棒槌家找到的*藤叶提炼出两支针剂，交给季香，季香因赵小驹是病情最重的患者之一要为他注射，赵小驹拒绝。部队在山上发现了*藤叶，但都长在悬崖峭壁上，战士们冒死采撷。赵小驹召开支部大会，医院内外表决：开除参与外逃的赵小栓*籍。患者郑三立趁人不备，进屋偷出那仅有的两支针剂，季香在与他抢夺时被推倒，头部撞在石头上，牺牲了。支部书记赵小驹也牺牲了。
郑三立将针剂吞进嘴里，却并没有起什么作用，病情突然发作，申有楚为他打麻醉针以延缓生命。医护人员指责他，申含泪说，如果季香活着，这一针她也是要打的。七奶奶面对支书和季香的死，悲愤万分，告诉容圆，季香死了，自己要将他送上法庭。大批的药物运进疫区，人们得救了。
为了彻底消灭疫源，十八里坡的村民又做出了重大牺牲，他们搬出了自己的家园，眼看着一把大火把它烧成灰烬。
十八里坡的山坡上，耸立着一座与攻畸核弹纪念碑一样的纪念碑，上面刻着“-？”碑下铺满鲜花。