热性惊厥患儿比一般儿童癫痫发生率高3~6倍，以后的癫痫类型以大发作多见，亦可有小发作或精神运动性发作。准确地预测某一热性惊厥能否出现后遗症，是否会变为癫痫，有一定困难。但根据一些“危险因素”进行估计是有一定帮助的。
如果热性惊厥首次发作是单纯性的，且惊厥前神经系统正常，则癫痫的发生率为1%;在热性惊厥前已有神经系统异常或为复杂性高热惊厥，则癫痫发生率为2%~3%;若热性惊厥前神经系统已有异常而且为复杂性发作，则癫痫的发生率为9%。
并且有报道指出，热性惊厥病儿如有围产期异常，当转变为癫痫时往往是全面性发作。而另一些热性惊厥的小儿，惊厥时间长，反复发作，或局限性发作，以后转变为癫痫时，往往表现为精神运动型癫痫。当热性惊厥患儿出现以下危险因素时，预示转变为癫痫的概率增高，家长需要引起重视。
复杂性高热惊厥，发作时间长约15分钟，局限性发作，低于38C时发作，一次热病连续发作。
热性惊厥多次复发。
热性惊厥前有神经系统异常、发育异常、智力低下或围产期异常。
首次发作在1岁以内。
家中有癫痫或热性惊厥史。
总之，热性惊厥一般预后良好，仅有极少部分患者可转变为癫痫，留有后遗症，其发生率为热性惊厥的2%~7%。热性惊厥患儿应着重预防，避免发热。发热时酌情服抗癫痫药以免日后转变成癫痫或造成不可逆性脑损伤。