秦可卿很神秘，不止是因为她神秘的身世和神秘的病情，还有她神秘的死亡。她究竟是怎么死的？是因病而死还是自缢而亡，始终是一个解释不清楚的谜。
在通行本红楼梦中，秦可卿虽然体现为得病而死，但也并未明确写明。王熙凤在梦中的秦可卿一番警示叮嘱之后，就传来了她的死讯。书中原文：
凤姐还欲问时，只听得二门上传事云牌连叩四下，将凤姐惊醒。人回：东府蓉大奶奶没了。
秦可卿具体是怎么死的，书中并没有写明。所以，秦可卿是如何死的存在争议。
很多人认为她并非病死，而另有他因。很多人认为她是自缢而死。证明秦可卿并非病死的直接证据，就是秦可卿判词中的图画。图画中画着高楼大厦，有一美人悬梁自尽。87版《红楼梦》电视剧中秦可卿就是在天香楼自缢而死的。
靖藏本红楼梦，第十三回有批注：秦可卿淫丧天香楼，作者用史笔也，老朽因其*托凤姐贾家后事两件，岂是安富尊荣坐享人能想到者？其言其意，令人悲切感服，故赦之。因命芹溪删去“遗簪”、“更衣”诸文，是以此回只十页，删去“天香楼”一节，少去四五页也。
甲戌本红楼梦。第十三回前也有批注：隐去天香楼一节，是不忍下笔也。
靖藏本红楼梦第十三回，还有批语：可从此批，通回将可卿如何死故隐去，是余大发慈悲也。叹、叹！壬午季春，笏叟。
可见，我们现在看的通行本红楼梦是曾被删减过了的。可以肯定作者是写出了“遗簪”、“更衣”、“天香楼”等情节，最终因为不忍心而删去了。
“遗簪”、“更衣”，从字面看，尚且能理解意思，对事件内容有个大概理解。但“天香楼”一节，到底发生了什么？我们只能确定这是一个地方，至于发生什么事件，却不得而知。
但可以肯定的是，隐去的这些情节与秦可卿的死有关。正是“将可卿如何死故隐去”。想必“如何死故”就是秦可卿为何死和怎么死的意思。作者是故意将秦可卿死因隐去了。
作者之所以隐去秦可卿如何死故的原因，是因为不忍心。因为批书人认为秦可卿不是安富尊荣坐享人，大发慈悲，放她一马。由此可知，秦可卿的死因并不光彩，甚至是被人所不齿的。
在红楼梦中，焦大醉骂“爬灰的爬灰”，直指秦可卿与贾珍之间存在不正当关系。这也是被众多学者所认可了的。作者隐去的“更衣”、“遗簪”，大概就是有关这段不伦情的情节。秦可卿之死的原因自然是因为这段不伦情。导致秦可卿之死的原因没有太大争议。那么，秦可卿的死法是怎么死的呢
有人透露，有藏本保留了被删除的故事情节。具体内容为秦可卿与贾珍在天香楼偷情，因为瑞珠把风不严，被尤氏、贾蓉当场捉奸。此事之后，秦可卿与贾珍的丑事被越传越广。最后为了保住贾家的名誉，贾家决定牺牲秦可卿为贾家遮丑。秦可卿无奈只好在天香楼自尽。
秦可卿丑事暴露，死的很不光彩。贾家这样的钟鼎之家，簪缨望族，最是注重脸面声望，秦可卿的丑事必须被掩盖。这一点不论在哪个版本中都是一致的。所以，秦可卿之死必定会有两种：一种对外宣称的死，是正常的、光彩的死法。另一种是真实的死，是非正常的、隐蔽的死法。
秦可卿判词图画中，有一美人悬梁自尽。判词图画是作者对人物的高度概括。并且是在小说开头就写出来的，不存在烂尾。所以，判词图画是可以作为评判人物命运的根据地。也就是说，秦可卿之死必定是自缢身亡的。这种死法极有可能就是她真实的死法。
并且在书中也有细节，能体现出秦可卿之死并不寻常。王熙凤睡梦中听闻四声云牌后，书中说“只得忙忙的穿衣服，往王夫人处来。彼时合家皆知，无不纳罕，都有些疑心”。书中侧批：九个字写尽天香楼事，是不写之写。
无不纳罕，都有些疑心。说明全家人都很纳闷，对于秦可卿之死都很怀疑。秦可卿病死不太让人信服。并且批注明确写了是天香楼事，是不写之写。很明显是说秦可卿死与天香楼事有关，是没有写出来。也说明贾家是隐瞒了秦可卿真实死法的。
所以秦可卿之死，对外宣称的应该是病死，实际死法是自缢而死。